Al-Afkar: Manajemen Pendidikan Islam, menetapkan untuk semua lembaga jurnal yang diterbitkan mengikuti kode etik yang berlaku. Secara umum kita ketahui bahwa kode etik ilmiah merupakan pernyataan kode etik, dimana semua pihak yang terlibat dalam proses publikasi jurnal ilmiah yaitu pengelola, editor, mitra bestari, dan pengarang/penulis. Dengan demikian menetapkan bahwa Pernyataan kode etika publikasi ilmiah harus didasarkan Peraturan Kepala LIPI Nomor 5 Tahun 2014 tentang Kode Etika Publikasi Ilmiah, yang intinya bahwa Kode Etika Publikasi Ilmiah menjunjung tiga nilai etik dalam publikasi, yaitu (1) Kenetralan, yakni bebas dari pertentangan kepentingan dalam pengelolaan publikasi; (2) Keadilan, yakni memberikan hak ke pengarangan kepada yang berhak sebagai pengarang/penulis; dan (3) Kejujuran, yakni bebas dari duplikasi, fabrikasi, falsifikasi, dan plagiasi dalam publikasi jurnal.

Tugas dan Tanggung Jawab Pengelola Jurnal

1. Menentukan nama jurnal, lingkup keilmuan, keberkalaan, dan akreditasi apabila diperlukan.
2. Menentukan keanggotaan dewan editor.
3. Mendefinisikan hubungan antara penerbit, editor, mitra bestari, dan pihak lain dalam suatu kontrak.
4. Menghargai hal-hal yang bersifat rahasia, baik untuk peneliti yang berkontribusi, pengarang/penulis, editor, maupun mitra bestari.
5. Menerapkan norma dan ketentuan mengenai hak atas kekayaan intelektual, khususnya hak cipta.
6. Melakukan telaah kebijakan jurnal dan menyampaikannya kepada pengarang/penulis, dewan editor, mitra bestari, dan pembaca.
7. Membuat panduan kode berperilaku bagi editor dan mitra bestari.
8. Mempublikasikan jurnal secara teratur.
9. Menjamin ketersediaan sumber dana untuk keberlanjutan penerbitan jurnal.
10. Membangun jaringan kerja sama dan pemasaran.
11. Mempersiapkan perizinan dan aspek legalitas lainnya.

Tugas dan Tanggung Jawab Editor

1. Mempertemukan kebutuhan pembaca dan pengarang/penulis,
2. Mengupayakan peningkatan mutu publikasi secara berkelanjutan,
3. Menerapkan proses untuk menjamin mutu karya tulis yang dipublikasikan,
4. Mengedepankan kebebasan berpendapat secara objektif,
5. Memelihara integritas rekam jejak akademik pengarang,
6. Menyampaikan koreksi, klarifikasi, penarikan, dan permintaan maaf apabila diperlukan,
7. Bertanggung jawab terhadap gaya dan format karya tulis, sedangkan isi dan segala pernyataan dalam karya tulis adalah tanggung jawab pengarang/penulis,
8. Secara aktif meminta pendapat pengarang, pembaca, mitra bestari, dan anggota dewan editor untuk meningkatkan mutu publikasi,
9. Mendorong dilakukannya penilaian terhadap jurnal apabila ada temuan,
10. Mendukung inisiatif untuk mengurangi kesalahan penelitian dan publikasi dengan meminta pengarang melampirkan formulir Klirens Etik yang sudah disetujui oleh Komisi Klirens Etik,
11. Mendukung inisiatif untuk mendidik peneliti tentang etika publikasi,
12. Mengkaji efek kebijakan terbitan terhadap sikap pengarang/penulis dan mitra bestari serta memperbaikinya untuk meningkatkan tanggung jawab dan memperkecil kesalahan,
13. Memiliki pikiran terbuka terhadap pendapat baru atau pandangan orang lain yang mungkin bertentangan dengan pendapat pribadi,
14. Tidak mempertahankan pendapat sendiri, pengarang atau pihak ketiga yang dapat mengakibatkan keputusan tidak objektif,
15. Mendorong pengarang/penulis, supaya dapat melakukan perbaikan karya tulis hingga layak terbit.

Tugas dan Tanggung Jawab Mitra Bestari

1. Mendapat tugas dari editor untuk menelaah karya tulis dan menyampaikan hasil penelaahan kepada editor, sebagai bahan penentuan kelayakan suatu karya tulis untuk diterbitkan.
2. Penelaah tidak boleh melakukan telaah atas karya tulis yang melibatkan dirinya, baik secara langsung maupun tidak 
3. Menjaga privasi pengarang dengan tidak menyebarluaskan hasil koreksi, saran, dan rekomendasi dengan memberikan kritik, saran, masukan, dan rekomendasi
4. Mendorong pengarang/penulis untuk melakukan perbaikan karya tulis
5. Menelaah kembali karya tulis yang telah diperbaiki sesuai dengan standar yang telah ditentukan.
6. Karya tulis ditelaah secara tepat waktu sesuai gaya selingkung terbitan berdasarkan kaidah ilmiah (metode pengumpulan data, legalitas pengarang, kesimpulan, dan lain-lain.).

Tugas dan Tanggung Jawab Pengarang/Penulis

1. Memastikan bahwa yang masuk dalam daftar pengarang/penulis memenuhi kriteria sebagai pengarang/penulis.
2. Bertanggung jawab secara kolektif untuk pekerjaan dan isi artikel meliputi metode, analisis, perhitungan, dan rinciannya.
3. Menyatakan asal sumber daya (termasuk pendanaan), baik secara langsung maupun tidak langsung.
4. Menjelaskan keterbatasan-keterbatasan dalam penelitian
5. Menanggapi komentar yang dibuat oleh para mitra bestari secara profesional dan tepat waktu.
6. Menginformasikan kepada editor jika akan menarik kembali karya tulisnya.
7. Membuat pernyataan bahwa karya tulis yang diserahkan untuk diterbitkan adalah asli, belum pernah dipublikasikan di manapun dalam bahasa apapun, dan tidak sedang dalam proses pengajuan ke penerbit lain.